Le plus souvent disque externe (HDD, pendrive) est formaté en FAT32 pour pouvoir  échanger de données avec les differentes OS.

- créer une archive contenant la partition  et la deplacer sur la partition Linux :
 $  tar cvf partition.tar

- supprimer le contenu de la partition FAT32
 $  rm -rf   /chemin_de_partition

- décompresser sur la partition vide
$  tar xvf patition.tar -M   /chemin_de_partition

Si la partition FAT32 est trop grande .... utiliser Windows de votre ami :)